En la recolección y organización de datos genómicos se recurre a diferentes softwares o aplicaciones que ayudan a guardar información por medio de un sistema especial. El entorno Linux es la herramienta más utilizada para ello, por lo que parece importante aprender el proceso de instalación así como sus diferentes plataformas de uso.
El escenario para Linux
El movimiento de software libre comenzó en 1983 cuando Richard Stallman lanzó el Proyecto GNU. GNU, por cierto, es un acrónimo recursivo que significa “GNU’s Not Unix!”. Su objetivo era crear un sistema operativo GNU de código abierto totalmente gratuito y compatible con Unix. Él y otros desarrolladores de software comenzaron este proyecto recreando los comandos más populares de Unix. En 1990, todos los componentes principales del sistema operativo habían sido escritos con una gran excepción: el kernel.
Entrada de Linus
En 1991, un alumno filandés llamado Linus Torvalds creó el núcleo de Linux. Linus comenzó a trabajar en un emulador de terminal para conectarse a los sistemas Unix en su universidad, pero con el tiempo ese proyecto se convirtió en algo más grande y, finalmente, se convirtió en el núcleo de Linux. La combinación del kernel de Linux con las herramientas de línea de comandos de la Fundación GNU creó un sistema operativo completo similar a Unix. Poco después del lanzamiento del kernel de Linux comenzaron a aparecer varias colecciones de programas combinados con el kernel de Linux. Estos conjuntos de software se conocieron como distribuciones de Linux.
Hoy en día, el sistema operativo Linux es compatible con la mayoría de las plataformas de hardware. Linux funciona en casi todas las arquitecturas desde i386 hasta SPARC. Linux se puede encontrar en casi todos los tipos de dispositivos hoy en día, desde relojes, televisores, teléfonos móviles, servidores, computadoras de escritorio e incluso máquinas expendedoras.
Gestión de paquetes
Una de las cosas que diferencia a Linux de otros sistemas operativos es la forma en que se instala y administra el software. Tradicionalmente, cuando se desea instalar un software en el sistema operativo de Windows, una vez encontrado el software, se descarga y se instala. Estos son los pasos que el usuario final debe realizar uno por uno: realizar una búsqueda de imágenes de una aplicación en la web, descargar esa aplicación a su carpeta de “Descargas”, hacer doble clic en la descarga para iniciar el proceso de instalación y luego responder a una serie de preguntas para instalar el software.
Para instalar el software en un sistema Linux, se usa el administrador de paquetes que viene con la distribución. El administrador de paquetes se encarga de descargar el software deseado junto con las dependencias necesarias y luego instala todos los componentes. Los administradores de paquetes no solo pueden controlarlas aplicaciones, sino que también pueden administrar el sistema operativo. Un administrador de paquetes puede actualizar y purgar el sistema y todas sus aplicaciones instaladas a las últimas versiones.
El software y las aplicaciones se agrupan en paquetes y las distribuciones de Linux se clasifican por estos tipos de paquetes. Los tres tipos básicos de paquetes son Debian (deb), RedHat Package Manager (RPM) y otras distribuciones.
Debian
El tipo de paquete deb se creó en 1993 para la distribución Debian Linux. Debian es una de las distribuciones de Linux más antiguas y es una opción muy popular en la que se basan las nuevas distribuciones. Las distribuciones populares que usan paquetes .deb incluyen:
Debian
En 1993, Ian Murdock anunció una nueva distribución de Linux que se desarrollaría abiertamente con la filosofíade GNU. Ian le dio a su distribución el nombre Debian ,que es una combinación del nombre Debra de su novia y su propio nombre. Al principio era un proyecto pequeño, pero hoy Debian es uno de los proyectos de código abierto más grandes que existen.
Debian es un sistema operativo universal, es compatible con casi todas las arquitecturas de CPU y es muy popular en el espacio del servidor. Aunque Debian es conocido por su software estable, hay variantes. Hay Debian antiguo estable, estable, de prueba, inestable y experimental. A medida que se pasa de ser estable a experimental, se encuentra un software más nuevo y menos estable. En cuanto a la gestión de paquetes, Debian utiliza dos gestores de paquetes: apt y aptitude.
Ubuntu
Anunciado en 2004, Ubuntu se basa en Debian inestable. Ubuntu es la distribución de Linux más utilizada y más extendida en la actualidad. También es la distribución de Linux rodeada por la mayoría de las controversias. Ubuntu comenzó con el escritorio Gnome, pero hace unos años, Ubuntu desarrolló su propio entorno de escritorio llamado Unity. El proceso de instalación de Ubuntu es fácil y, por lo tanto, es popular entre aquellos que son nuevos en Linux. Ubuntu usa apt y su Centro de softwarede Ubuntu con gráficos para la gestión de paquetes.
Linux Mint
Linux Mint es una distribución popular basada en Ubuntu. Mint comenzó simplemente siendo Ubuntu con códecs multimedia preinstalados y controladores propietarios. Sin embargo, desde entonces ha crecido y es una alternativa muy popular a Ubuntu.
RPM
RedHat creó el formato del paquete rpm para usar en su distribución. Las distribuciones populares basadas en RPM incluyen:
Fedora
Fedora es la distribución comercial de RedHat Enterprise Linux o RHEL, para abreviar. Lo que hace que Fedora sea especial es que utiliza tecnología y paquetes más nuevos de código abierto que RHEL. Fedora, como RHEL, usa el gestor de paquetes yum.
OpenSuse
OpenSuse comenzó una traducción al alemán de Slackware Linux, pero eventualmente se convirtió en su propia distribución. OpenSuse es conocido por el escritorio y la estabilidad de KDE. Para la gestión de paquetes, OpenSuse utiliza zypper y su interfaz gráfica, el centro de software Yast.
Mageia
Mageia Linux es una distribución de Linux bastante nueva que se basa en Mandrake Linux. Mageia es fácil de instalar y fácil de usar. Mageia utiliza urpmi y drakrpmpara la gestión de paquetes.
Otras
Arch Linux
Arch Linux usa paquetes pkg.tar.xz y tiene su propio administrador de paquetes llamado pacman. Archno viene con un instalador gráfico y todo el proceso de instalación se realiza a través de un terminal. Esto puede ser intimidante para los nuevos usuarios de Linux. La filosofía principal detrás de Arch es KISS: “hazlo simple, estúpido”. Arch ha sido bifurcado en algunas distribuciones populares para principiantes como Manjaro Linux.
Slackware Linux
Fundada en 1992 por Patrick Volkerding, Slackware es la distribución de Linux más antigua en uso hoy en día. Slackware no tiene un administrador de paquetes y todo el software es compilado por el administrador del sistema o los usuarios normales del sistema. Los paquetes de Slackware son simplemente código fuente. Si realmente se quiere aprender mucho sobre el funcionamiento de Linux, se utiliza Slackware.
Gentoo Linux
Gentoo se basa en el sistema de gestión de paquetes portage. Gentoo puede ser difícil de instalar e, incluso, puede tomar un par de días para completar todo el proceso de instalación. La ventaja de este enfoque es que el software está creado para el hardware específico en el que se ejecutará. Al igual que Slackware, Portage utiliza el código fuente de la aplicación. Si gusta la idea de Gentoo, pero se busca algo para principiantes, una alternativa es Sabayon.
Entornos gráficos de usuario
Si bien los usuarios de Microsoft Windows solo tienen un administrador de escritorio, los usuarios de Linux pueden elegir su entorno de escritorio. El entorno de escritorio o la interfaz gráfica de usuario (GUI)n es lo que se muestra en el monitor. Dicho de otra manera, es cómo se ve el sistema. Los gestores de escritorio populares incluyen:
KDE
KDE se creó en 1996 y es probablemente el administrador de escritorio más avanzado del mercado. Por defecto, KDE incluye varias aplicaciones que cada usuario necesita para un entorno de escritorio completo. KDE tiene algunas características que no están disponibles en otros administradores de escritorio. El espacio detrabajo de KDE se llama Plasma. De la combinación del plasma con las otras aplicaciones de KDE se obtiene lo que se llama la compilación del software de KDE o KDE SC.
Gnome
Gnome es un administrador de escritorio hecho para la comunidad y por la comunidad. Este es un gran ejemplo de cómo funciona la comunidad de código abierto. Gnome se puede ampliar fácilmente con el uso de complementos. No requiere muchos recursos y puede ser una excelente opción para hardware más antiguo y más lento.
Canela
Canela es una bifurcación del administrador de escritorio Gnome y está desarrollada por la comunidad Linux Mint. Recrea el look de Gnome 2 con un toque moderno. Los requisitos mínimos del sistema para Canela son los mismos que para Gnome.
Xfce
Xfce es una excelente opción para computadoras viejas. Ligero y rápido son las dos características más importantes de Xfce. Los requisitos del sistema son una CPU de 300Mhz y 192Mb de RAM.
LXDE
LXDE es otro gestor de escritorio rápido y ligero. Basado en el administrador de ventanas OpenBox, LXDE es adecuado para computadoras viejas.
Unity
Unity fue desarrollado por Canonical para su distribución de Ubuntu Linux. Hasta la fecha, Ubuntu es la única distribución que usa Unity. Unity requiere mayores recursos de hardware que la mayoría de los entornos gráficos. Necesitará una CPU de 1 GHz y 1 Gb de RAM para que la Unidad funcione. Con esas especificaciones, Unity será tan lenta que será casi inutilizable. Para Unity, cuanto más RAM y CPU, mejor.
¿Cómo instalar Ubuntu?
Deberá considerar lo siguiente antes de comenzar la instalación:
- Conectar la computadora portátil a una fuente de alimentación.
- Asegurarse de tener al menos 25 GB de espacio de almacenamiento libre o 5 GB para una instalación mínima.
- Tener acceso a un DVD o una unidad flash USB que contenga la versión de Ubuntu que se desea instalar.
- Asegurarse de tener una copia de seguridad reciente de los datos.
Lo primero que se necesita es descargar un archivo de imagen .ISO de Ubuntu. En este ejemplo se instala la versión de Ubuntu 18.04, pero no importa qué versión se use. Canonical publica los nuevos lanzamientos de Ubuntu en una cadencia regular, lo que permite a la comunidad, las empresas y los desarrolladores planificar sus planes de trabajo con seguridad de acceso a las nuevas capacidades de código abierto de flujo ascendente.
Las versiones de LTS o “Soporte a largo plazo” se publican cada dos años en abril. Los lanzamientos deLTS son los lanzamientos de “grado empresarial” de Ubuntu, y son mucho más utilizados (algo así como el 95% de todas las instalaciones de Ubuntu son lanzamientos de LTS). Por ejemplo, 12.04 LTS, 14.04 LTS, 16.04 LTS y 18.04 LTS han tomado sucesivamente la posición de liderazgo en todas las nubes públicas como las imágenes de SO más populares.
Cada seis meses entre las versiones de LTS, Canonical publica un lanzamiento provisional de Ubuntu. Por ejemplo, Ubuntu 17.10. Estos son lanzamientos de calidad de producción y son compatibles con su vida útil (que es suficiente para pasar a la próxima versión), pero no reciben el compromiso a largo plazo de los lanzamientos de LTS.
Big data en la medicina
El rápido crecimiento de los datos genómicos se puede recopilar, actualmente, de forma rápida y sencilla. Para la capacitación académica de este proceso, TECH Universidad Tecnológica ha cubierto cada paso en el proceso:
Primero, programas como el Máster en Medicina Genómica y de Precisión en Hematología: Trombosis o el Máster en Nutrición Genómica y de Precisión se encargan de comprender la información obtenida en el ADN de cada paciente con cáncer. Utilizan el tipo de sangre para adaptar las transfusiones y compararlo con los resultados de otros individuos que también presenten dicha patología. Después, el Máster en Oncología de Precisión: Genómica y Big Data profundiza en la escala y la complejidad de los sistemas que organizan los datos obtenidos para el intercambio de los mismos en posteriores investigaciones.
