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El diagnóstico microbiológico tiene como objetivo fundamental determinar la etiología de las enfermedades infecciosas. Este se inicia con la proceso de recogida de muestras clínicas con base en una sospecha etiológica y se termina con la emisión de resultados por parte del Servicio de Microbiología. La calidad de los resultados microbiológicos depende en gran medida de la muestra enviada.
Esta tiene que ser representativa del proceso infeccioso que se pretende diagnosticar. La gran diversidad de métodos diagnósticos existentes junto con la variedad de muestras clínicas, son dos aspectos que diferencian el laboratorio de microbiología de otros laboratorios clínicos. A esto se une la incorporación de nuevas técnicas de diagnóstico rápido de tipo inmunológico, de detección de antígenos. Además de técnicas de biología molecular y la proteómica, que exigen una estrecha comunicación entre los microbiólogos y los clínicos responsables del paciente; misma que permita aplicar estos métodos de la manera más eficiente.
Consideraciones generales para la toma, conservación y transporte de muestras para estudio microbiológico
El primer paso del diagnóstico microbiológico comienza con la obtención de una muestra clínica adecuada. Para ello es fundamental conocer la historia natural de la enfermedad, los posibles agentes etiológicos así como los mecanismos patogénicos. El cuadro clínico del paciente y los posibles agentes etiológicos implicados condicionarán no solo el tipo de muestra, sino también el modo de obtención y transporte al laboratorio.
Hay que tener en cuenta que todas las muestras microbiológicas pueden ser potencialmente peligrosas. Es importante obtenerlas siguiendo las medidas de precaución universales. La toma adecuada de una muestra para estudio microbiológico es un punto fundamental. Esto para que se pueda llegar a la confirmación final de que un determinado microorganismo es causante de la infección.
Una muestra tomada de modo inadecuado no solo puede dar lugar a un resultado falsamente negativo; también al aislamiento de microorganismos que realmente no son causantes del proceso infeccioso. Por tanto a la instauración de una terapia inapropiada o innecesaria (si dicho tratamiento va dirigido a un microorganismo comensal o a un contaminante).
Por todo ello es importante tener en cuenta una serie de consideraciones fundamentales para conseguir un diagnóstico microbiológico. El lugar “real” de la infección, el momento óptimo de la toma de la muestra, la cantidad necesaria, los contenedores y medios de transporte adecuados. Además del transporte y tiempo disponible.
El lugar “real” de la infección
La muestra debe obtenerse del lugar anatómico donde puedan detectarse los microorganismos responsables de la infección; y, además, debe ser tomada minimizando la contaminación con los tejidos, órganos o secreciones adyacentes. Es fundamental evitar la contaminación por flora comensal durante la toma de la muestra y el contacto de la misma con antisépticos y desinfectantes. Esto para disminuir el número de resultados falsamente negativos.
Hay que tener en cuenta que, en determinadas infecciones, se puede obtener un buen rendimiento diagnóstico. Esto a partir de muestras que no proceden directamente del foco clínico de la infección, como detección de antígeno de neumococo en orina. Realizado para el diagnóstico de infección respiratoria /neumonía por dicho microorganismo.
Momento óptimo de la toma de muestras
La elección del momento óptimo para realizar la toma de la muestra se realizará en función de la historia natural de la enfermedad y su fisiopatología. Esto teniendo en cuenta las vías de eliminación del microorganismo. El tipo de muestra también determinará cuál es el momento más apropiado para realizar la toma. Primera hora de la mañana (orina), expectoración matutina en ayunas (esputo).
Es importante recalcar, que, siempre que sea posible, las muestras para estudios microbiológicos deben tomarse antes del inicio de cualquier tratamiento antibiótico. También hay que tener en cuenta que, según la patología a estudiar, estará indicado el envío de más de una muestra para mejorar el rendimiento diagnóstico, como en el caso del diagnóstico de la bacteriemia (se recomienda al menos dos hemocultivos seriados). Pero, en general, se debe limitar la frecuencia con que son obtenidas muestras repetidas del mismo sitio anatómico (por ejemplo, esputos repetidos en menos de 24 h para diagnosticar una neumonía bacteriana).
Cantidad de muestra suficiente
En la medida de lo posible, la cantidad de muestra enviada debe ser suficiente para realizar las determinaciones solicitadas. Incluso, se pueden/deben enviar varias torundas/hisopos con/sin medio de transporte. En general, es preferible enviar tejido o líquido en lugar de una muestra recogida con hisopo. Si la muestra se introduce en un único contenedor estéril, se recomienda su manipulación en el laboratorio en condiciones de esterilidad, para subdividirla y realizar las pruebas pertinentes.
Contenedores y medios de transporte adecuados
Existe una gran variedad de contenedores y medios de transporte para realizar estudio microbiológico: su elección dependerá del tipo de muestra y de las determinaciones a realizar. Como norma general, todos los recipientes para la recogida de muestras (frascos y tubos) serán estériles y provistos de un tapón de rosca que cierre herméticamente (a excepción de las heces, en cuyo caso pueden usarse recipientes no estériles); y deberán estar correctamente identificados con el nombre y/o número de historia clínica del paciente al que pertenecen.
Los tubos empleados pueden no contener ningún medio (tubos secos), llevar una esponja impregnada en medio líquido o ir con medio de transporte en gel. Las torundas pueden ser de diferentes materiales: algodón (contiene ácidos grasos que son inhibidores), alginato cálcico (tóxico para virus y puede inhibir técnicas de PCR), dacrón, rayón o nylon.
Pueden tener la superficie de absorción lisa o flocada (para mejorar la absorción y la elución en el medio de transporte). Además, el mango puede ser rígido de madera (puede interferir con las técnicas de microbiología molecular, inactivar a virus e interferir en pruebas de identificación de Ureaplasma spp.), de aluminio o de plástico (rígidos o flexibles). También hay torundas con sistemas de transporte específicos para anaerobios.
Transporte y conservación de las muestras
El transporte de las muestras al Servicio de Microbiología debe ser lo más rápido posible, especialmente en situaciones en que se requiere un diagnóstico urgente, o en aquellas muestras en las que la ausencia de condiciones idóneas para su conservación y transporte (de temperatura, por ejemplo) puede disminuir la calidad del diagnóstico microbiológico. Así se mejora la recuperación de determinados microorganismos que son extremadamente lábiles en muestras como los líquidos cefalorraquídeos (LCR), o se evita el sobrecrecimiento de flora contaminante.
Las muestras deben ser transportadas en contenedores de seguridad biológica adecuados, herméticamente cerrados y acompañados con su correspondiente volante de petición, preferentemente antes de transcurridas 2 horas desde su recogida. En caso de que no puedan transportarse inmediatamente, se pueden seguir las siguientes recomendaciones generales, aunque con excepciones:
- Para estudios de microbiología molecular, virus o micobacterias, refrigerar las muestras (2-8º C).
- También pueden refrigerarse las muestras de orina, heces, las de origen respiratorio y algunos tipos de exudados y líquidos biológicos (según la petición).
- Se conservarán a temperatura ambiente las muestras de hemocultivos, LCR, exudados y líquidos biológicos.
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